馬偕醫院院牧部在2021年疫情三級警戒時推出疫情期間靈性關懷指引，盼望醫護人員與民眾能更加瞭解如何關懷在疫情中有靈性需要的五個族群(欲施打疫苗者、第一線防疫人員、確診於隔離所隔離者、確診住院治療者、確診重症者)。
2022年五月開始疫情有再度升溫，政策也不同於去年，院牧部再次針對五個需要的族群(家有未成年孩童之家長、居家照護之確診者、收至於醫院、檢疫所、防疫旅館之確診者、因疫情而被限制就醫治療之病人、密切接觸者)提出靈性關懷指引，盼望與民眾一起在同理與關心中平安度過疫情。
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