1872 年3 月9 日，馬偕博士由滬尾登陸，隨即為人免費施藥治病，同年六月就有開刀之手術，也設有病床開始看護工作。由於西藥之療效和偕牧師之熱忱，求診者與日俱增，開始第一年就診治了1023 名病患，於是在隔年五月，另租民房為診所，名為「滬尾醫館」。
馬偕博士在淡水醫療服務所需之經費，大都由外商洋行所捐助，本地仕紳也略有捐獻。1879 年，馬偕獲美國一位同姓宗親馬偕船長的遺孀，為紀念其之夫而捐款之二千五百美元，作為新醫館之建築經費，遂於現址建造新醫館，於同年9 月14 日落成啟用，並命名為「滬尾偕醫館」以紀念馬偕船長夫婦義舉，偕醫館不僅在早期就有病歷管理，也有病理研究，在醫學文獻保存也有貢獻。
1884 年8 月5 日中法戰爭爆發，馬偕博士於偕醫館救治許多傷兵，清朝劉銘傳將軍為此特別頒獎表揚。1901 年6 月2 日馬偕博士逝世，醫館暫時關閉。1906 年加拿大宋雅各醫師抵台，重開偕醫館提供服務，直到1912 年，才將醫療中心移至台北中山北路，並為紀念馬偕博士對台灣貢獻，命名為「馬偕紀念醫院」。
滬尾偕醫館為馬偕所設計，屋體為閩南式民宅，外貌樸實，有西洋門窗，極富趣味。目前滬尾偕醫館仍保持初建之樣貌，內部有手術台、壁爐、門鐘等設備，以及馬偕當年所用的風琴、西式餐桌、鐵床和當時醫療所用的藥瓶、藥罐等。
目前，經過淡水教會改善設計，偕醫館原址兼具有文物展覽館與休閒咖啡廳的特色，如果事先預約，可以安排志工解說的貼心服務，想休息的時候，咖啡廳備有簡單輕食與飲品的服務，如果您喝咖啡，別忘了叫一份純手工的「馬偕餅乾」，那是其他地方買不到的美食喔！