1901 年6 月2 日，馬偕博士因為喉癌逝世，最後安葬於淡江中學角落的墓園。此處原為淡水外僑墓園，馬偕逝世後家人遵其遺囑，以一堵圍牆將其墓地與其他洋人之墓地隔開，用以表明馬偕是為臺灣人。
得以安葬於此墓園者，多為馬偕家人與嫡系學生。園區當中，墓碑較高者（如燭臺）是馬偕之墓，其外觀形式與眾不同。右邊是妻子張聰明之墓，合乎臺灣傳統男左女右習慣；左邊是安葬兒媳-偕叡廉夫婦，他們於 1914 年創辦淡江中學。外圍周邊則是學生、姻親之墓。
馬偕夫婦的墓碑，立於墓穴之後方，外觀上有三階的臺座，臺座上為墓碑，上面書寫著馬偕生平及來台日期，墓碑上方覆蓋著一石雕平台，平台有如墓之屋頂，其上再立上一支方尖型的碑，，使得整座墓看起來非常壯麗。
墓碑正面是英文和河洛話羅馬拼音，背面是漢字，上面並記載為馬偕學生所立。依墓碑石質判斷，應屬於觀音山石，質地堅硬，色澤呈青灰色，雕紋雖經過百年歲月風蝕，仍十分清晰完整。馬偕墓園之設計者是吳威廉牧師，為繼馬偕之後，在北部基督長老教會史上極重要人物。
此墓園目前由淡江中學管理，已被政府列為三級古蹟。