早期台湾民众受到「女子无才便是德」的观念影响，不愿女子抛头露面，能出外受教育的汉人女子少之又少。
马偕博士在开办牛津学堂之后，即积极推动女子教育。1881 年马偕回加拿大宣传在台湾设立女子学校的想法，获得加拿大长老教会总会的支持，并提供3000 美元的捐助。经过几年的努力，1884 年1 月19 日女学堂校舍落成，3 月3 日邀请当时的英国領事前来主持开学典禮。
女学堂为台湾北部第一所女子学校，开办之初，女学堂只有45 名学生，大部分是宜蘭的噶玛蘭平埔族人。当时学杂费全免，并供食宿衣着等，后来，学生最多时曾达到80人。
这栋美麗的红砖校舍，在草木扶疏带隐闭性的校园，采修道院的住宿教育，非常适合女子的教育环境。曾为纯德幼儿园用地。
马偕博士亲自设计、监造女子学堂的工程，又雇人开凿了一口水井，供女学堂、附近农村住民、其他传教士、外侨使用，这口古井在淡江中学女生宿舍后侧，至今仍然出水不停，与牛津学堂同为淡水的古迹。
1907 年教会重新开办的女学校称为「妇学堂」， 为「淡水女学堂」的延伸，提供妇女教育与训練女宣道妇。学生可带小孩住校，可說是全台最早的妈妈教室。