1872 年3 月9 日，马偕博士由沪尾登陆，随即为人免费施药治病，同年六月就有开刀之手术，也设有病床开始看护工作。由于西药之疗效和偕牧师之热忱，求诊者与日俱增，开始第一年就诊治了1023 名病患，于是在来年五月，另租民房为诊所，名为「沪尾医馆」。
马偕博士在淡水医疗服务所需之经费，大都由外商洋行所捐助，本地仕绅也略有捐献。1879 年，马偕获美国一位同姓宗亲马偕船长的遗孀，为纪念其之夫而捐款之二千五百美元，作为新医馆之建筑经费，遂于现址建造新医馆，于同年9 月14 日落成启用，并命名为「沪尾偕医馆」以纪念马偕船长夫妇义举，偕医馆不仅在早期就有病历管理，也有病理研究，在医学文献保存也有贡献。
1884 年8 月5 日中法战争爆发，马偕博士于偕医馆救治许多伤兵，清朝劉铭传将军为此特别颁奖表扬。1901 年6 月2 日马偕博士逝世，医馆暂时关闭。1906 年加拿大宋雅各布医师抵台，重开偕医馆提供服务，直到1912 年，才将医疗中心移至台北中山北路，并为纪念马偕博士对台湾贡献，命名为「马偕纪念医院」。
沪尾偕医馆为马偕所设计，屋体为闽南式民宅，外貌朴实，有西洋门窗，极富趣味。目前沪尾偕医馆仍保持初建之样貌，内部有手术台、壁爐、门钟等设备，以及马偕当年所用的风琴、西式餐桌、铁床和当时医療所用的药瓶、药罐等。
目前，经过淡水教会改善设计，偕医馆原址兼具有文物展览馆与休闲咖啡厅的特色，如果事先预约，可以安排志工解说的贴心服务，想休息的时候，咖啡厅备有简单轻食与饮品的服务，如果您喝咖啡，别忘了叫一份纯手工的「马偕饼干」，那是其他地方买不到的美食喔！