马偕博士早期租屋作为传道、医疗和推展教育之根据地。当时民风排外，各种阻挠、逼迫如排山倒海而来，宣教历程非常艰辛。幸赖马偕之坚忍意志，努力融入民间生活，福音乃渐次传开。
一八七三年二月九日，有首批领洗者五人，并于下一主日举行首次圣餐礼拜，淡水基督长老教会于焉成立。由于教会信徒日增，1890 年左右，马偕博士在其医馆西邻，购得地主陈阿顺的洋楼，改建成淡水第一所礼拜堂，在这之前都是租屋做为礼拜场所。
往后，配合教会发展的需要，教堂曾有两次的改建，第一次是1915 年，俗称白色禮拜堂，为一所北美洲样式的砖造白灰墙建筑，钟樓设于正门上方。
第二次改建，就是目前我们看到的礼拜堂，是为纪念马偕博士来台宣教六十周年而筹划，经费除了由信徒和各教会奉献外，大部分是由马偕牧师儿子偕叡廉向加拿大母会申请补助，并亲自设计督建。1932 年动土， 1933 年9 月3 日完工。
教堂外观有着仿哥德式的尖塔，外墙以清水砖砌造，屋顶有大跨距的铁骨承载结构。教堂里面镶有彩色玻璃，教堂正面有喻表圣父、圣子、圣靈「三位一体」的图案，钟樓则是以「五饼二鱼」及「客西马尼祷告」为背景元素。
当年它俯视淡水河港，礼拜堂钟声响彻对岸八里，散发出一股北台湾福音发祥地之特有气势。