馬偕博士早期租屋作為傳道、醫療和推展教育之根據地。當時民風排外，各種阻撓、逼迫如排山倒海而來，宣教歷程非常艱辛。幸賴馬偕之堅忍意志，努力融入民間生活，福音乃漸次傳開。
一八七三年二月九日，有首批領洗者五人，並於下一主日舉行首次聖餐禮拜，淡水基督長老教會於焉成立。由於教會信徒日增，1890 年左右，馬偕博士在其醫館西鄰，購得地主陳阿順的洋樓，改建成淡水第一所禮拜堂，在這之前都是租屋做為禮拜場所。
往後，配合教會發展的需要，教堂曾有兩次的改建，第一次是1915 年，俗稱白色禮拜堂，為一所北美洲樣式的磚造白灰牆建築，鐘樓設於正門上方。
第二次改建，就是目前我們看到的禮拜堂，是為紀念馬偕博士來台宣教六十週年而籌畫，經費除了由信徒和各教會奉獻外，大部分是由馬偕牧師兒子偕叡廉向加拿大母會申請補助，並親自設計督建。1932 年動土， 1933 年9 月3 日完工。
教堂外觀有著仿哥德式的尖塔，外牆以清水磚砌造，屋頂有大跨距的鐵骨承載結構。教堂裡面鑲有彩色玻璃，教堂正面有喻表聖父、聖子、聖靈「三位一體」的圖案，鐘樓則是以「五餅二魚」及「客西馬尼禱告」為背景元素。
當年它俯視淡水河港，禮拜堂鐘聲響徹對岸八里，散發出一股北台灣福音發祥地之特有氣勢。