早期台灣民眾受到「女子無才便是德」的觀念影響，不願女子拋頭露面，能出外受教育的漢人女子少之又少。
馬偕博士在開辦牛津學堂之後，即積極推動女子教育。1881 年馬偕回加拿大宣傳在台灣設立女子學校的想法，獲得加拿大長老教會總會的支持，並提供3000 美元的捐助。經過幾年的努力，1884 年1 月19 日女學堂校舍落成，3 月3 日邀請當時的英國領事前來主持開學典禮。
女學堂為臺灣北部第一所女子學校，開辦之初，女學堂只有45 名學生，大部分是宜蘭的噶瑪蘭平埔族人。當時學雜費全免，並供食宿衣著等，後來，學生最多時曾達到80人。
這棟美麗的紅磚校舍，在草木扶疏帶隱閉性的校園，採修道院的住宿教育，非常適合女子的教育環境。曾為純德幼稚園用地。
馬偕博士親自設計、監造女子學堂的工程，又雇人開鑿了一口水井，供女學堂、附近農村住民、其他傳教士、外僑使用，這口古井在淡江中學女生宿舍後側，至今仍然出水不停，與牛津學堂同為淡水的古蹟。
1907 年教會重新開辦的女學校稱為「婦學堂」， 為「淡水女學堂」的延伸，提供婦女教育與訓練女宣道婦。學生可帶小孩住校，可說是全台最早的媽媽教室。