当時、ドクターは、伝道、医療と教育の根拠地として、部屋を借りましたが、当時の人は、外国人に対して、あまり親切ではなかったので、弊害がどんどん出てきて、宣教の道はたいへん厳しいものでした。幸い、ドクター馬偕は強い意志で、頑張り続け、ようやくキリスト教の教えが広がっていきました。
1873年2月9日に、初めて5人が洗礼を受けました。続いて、次の日曜日に聖なる食事礼拝をしました。淡水キリスト長老教会はこのようにして成立しました。こうして教徒もだんだん増えてきました。1890年ごろ、ドクターは診療所の西の方角にある洋館を手に入れ、淡水の最初の礼拝堂に建て直しました。それまで、礼拝の場所は全部借りたものでした。
その後、教会活動の発展に伴って教会「を作るため」の改築が２回あり、一回目は1915年で、いわゆる白い礼拝堂と言われたところです。それは北アメリカ様式のレンガ造りの白い壁の建築で、鐘楼は正門の上にあります。
二回目は、現在私達が目にすることができる礼拝堂です。それはドクターが台湾で宣教60年記念の時建てたものです。経費は、信者と各教会からの寄付金のほか、大部分はご息子である偕叡廉がカナダの本教会に申請したお金でした。1932年、自ら監督し、建て始めて、1933年9月3日に完成しました。
教会はゴート式外観になっており、壁は清水のレンガ作りで、屋上は幅広い鉄筋構造でした。内部はステンドグラスで飾られ、正面には御神(みかみ)、御子(みこ)、御霊(みたま)、「三位一体(さんみいったい)」の図案(ずあん)があり、鐘楼では「五つのパンと二匹の魚の物語」と「ゲッセマネの祈り」を背景として建てられました。
当時、ここから淡水港を見渡し、また礼拝堂の鐘の音が八里まで届く。。北台湾のキリスト教の教えの勢いを表していたといえます。